目的 探讨北京市丰台区手足口病和疱疹性咽峡炎病例中肠道病毒的感染情况，对其流行病学及病原学特征进行分析，为疾病的预防控制及临床治疗提供科学依据及相关指导。方法 收集2019—2021年北京市丰台区哨点医院常规监测及聚集疫情相关的手足口病及疱疹性咽峡炎病例样本，采用实时荧光PCR方法进行肠道病毒检测，使用SPSS 22.0软件进行统计分析，以P<0.05为差异有统计学意义。结果 共收集病例样本1 206份，其中手足口病样本814份，检出肠道病毒阳性563件，阳性率为69.16%，其中优势毒株为Cox A6(51.33%)；疱疹性咽峡炎样本392份，阳性样本228件，阳性率为58.16%。手足口病和疱疹性咽峡炎的发病高峰期主要为夏秋季；发病年龄均以1～5岁儿童为主，占比分别为77.15%和81.38%；男性发病均高于女性，比例分别为1.46∶1和1.02∶1。结论 近年来手足口病及疱疹性咽峡炎的流行血清型发生改变，以Cox A6为主；夏秋季应加强对托幼儿童手足口病及疱疹性咽峡炎的监测及防控；进一步加强对手足口病及疱疹性咽峡炎的关联性研究。